A Base ocupa uma área de cerca de 800 hectares e foi construída com a finalidade de corresponder aos acordos bilaterais entre Portugal e República Federal da Alemanha, no sentido de proporcionar facilidades de treino operacional à Força Aérea Alemã.

Igualmente pertencente à Base e sob administração directa do Comando, mas integrada na urbanização da parte Sudoeste da Cidade de Beja, está implantada uma zona residencial composta de arruamentos, parques, zonas verdes e 330 habitações, complementadas por outras instalações de apoio social.

A constituição do Comando da Unidade e respectivos serviços teve lugar em 1967, mantendo-se no entanto a construção das infraestruturas que vieram a terminar em 1968.

A Unidade começou a ser utilizada pela Força Aérea Alemã a partir de 1970, ano em que estacionaram na Base, os aviões F-104, constituindo um Grupo de duas esquadras, que acabaram por ser retirados para a Alemanha em 1973, devido a alterações no seu dispositivo militar.

A partir dai, a BA11 funcionou como aeródromo de apoio a aviões militares quer da Força Aérea Portuguesa quer da Força Aérea Alemã e, ainda, a aviões comerciais da Lufthansa e TAP, para voos de treino.

A assinatura do Acordo Luso-Alemão sobre a utilização da Base, em 16 de Agosto de 1979, deu origem a um desenvolvimento significativo da actividade aérea, com a instalação de uma Esquadra de aviões Alpha-Jet, da Força Aérea Alemã, para cumprimento de missões de treino operacional, incluindo tiro no Campo de Tiro de Alcochete.

Em 1987 a Esquadra 103, da Base Aérea de Monte Real - BA5, foi transferida para a BA11 dando início a uma nova fase da vida desta Unidade, com aeronaves nacionais estacionadas em permanência, e que seria enriquecida em 1993 com a atribuição de mais três unidades aéreas.

Em 1993, a não renovação do Acordo Luso-Alemão sobre a utilização da Base, determinou o fim da actividade da Força Aérea Alemã.

Em Maio de 2007, a BA11 foi agraciada com a Medalha de Honra do Município, atribuída pela Câmara Municipal de Beja, por se ter destacado por serviços distintos e altamente meritórios prestados ao Município e cujo o nome está intrinsecamente ligado a Beja.

Em 2008, a Esquadra 601 foi transferida da BA6 Montijo para a BA11.

Esta Esquadra encontra-se equipada com aviões Lockheed P-3P ORION e tem como missão primária executar operações de patrulhamento marítimo e de detecção, localização, seguimento e ataque a submarinos e meios de superfície.

Além das Unidades Aéreas sedeadas em permanência e já referidas, a Base é utilizada por diversos tipos de meios aéreos, quer da FAP, quer de outras Forças Aéreas estrangeiras para fins de treino e exercícios, beneficiando das excelentes características das infra-estruturas aeronáuticas existentes.