O Tenente-General Piloto Aviador Joaquim Manuel Nunes Borrego nasceu a 14 de novembro de 1960 em Cidadelhe - Pinhel. Ingressou na Academia da Força Aérea, em setembro de 1979, onde concluiu a licenciatura em Ciências Militares Aeronáuticas em 1983.

Iniciou o tirocínio de pilotagem em 1984 na Base Aérea de Reese, USA, tendo sido brevetado como Piloto Aviador em maio de 1985. Nesse ano foi colocado na Base Aérea N.º 1, na Esq. 102, onde obteve a qualificação de piloto instrutor na aeronave T-37C.

De abril de 1987 a agosto de 1990 esteve colocado no EURONATO Joint Jet PilotTraning, na Base Aérea de Sheppard, USA, onde desempenhou funções de Piloto Instrutor de T-37B, avaliador do STANEVAL e Squadron Spin Pilot.

Em setembro de 1990 é colocado novamente na Esq. 102, desempenhando as funções de Instrutor de T-37-C, Chefe da Uniformização e Avaliação e Piloto da Patrulha Asas de Portugal. Frequenta o curso Geral de Guerra Aérea no ano letivo 1991/1992, sendo posteriormente colocado na Base Aérea N.º 5, na Esq. 304, onde desempenhou as funções de Piloto Operacional em A-7P, Oficial de Operações e Comandante de Esquadra.

Em janeiro de 1996 é colocado na Esq. 11 - Montejunto, posteriormente designada como Centro de Operações Aéreas Alternativo (COAA), desempenhando as funções de Comandante.

Colocado em 1997 na Academia da Força Aérea, desempenhou as funções de Chefe do Departamento de Formação Militar, professor eventual no Instituto de Altos Estudos da Força Aérea e qualificou-se como instrutor na aeronave Chipmunk. Em junho de 2000 é colocado na Base Aérea N.º 5 onde desempenhou as funções de 2º Comandante e obteve a qualificação operacional na aeronave F-16.

No período de setembro de 2002 a setembro de 2005 faz uma comissão de serviço no Supreme Headquarters Allied Powers Europe (SHAPE - Mons), desenvolvendo atividades na avaliação e implementação do conceito Combined Joint Task Force (CJTF) e, mais tarde, na área dos exercícios desse comando.

De regresso à Força Aérea em setembro de 2005 é colocado na Direção de Instrução como Subdiretor e, em simultâneo, frequenta o curso de Auditores de Defesa Nacional.

Um ano mais tarde, em 2006, é colocado na Academia da Força Aérea onde desempenhou as funções de Comandante de Corpo de Alunos, lecionou a disciplina de Comando e Liderança no Centro de Estudos Aeronáuticos e ministrou instrução de pilotagem na aeronave Chipmunk.

Em outubro de 2008 é colocado como Comandante da Base Aérea N.º 5, requalificando-se na aeronave F-16 OCU.

No ano letivo 2009/2010 frequenta o Curso de Promoção a Oficial General e em setembro de 2010 é colocado na Academia da Força Aérea nas funções de 2º Comandante, cargo que exerceu até janeiro de 2012, momento em que assume as funções de Chefe de Gabinete do Chefe do Estado-Maior.

A 20 de Julho de 2012 foi promovido ao posto de Major-General. A 19 de setembro de 2012, assume as funções de Comandante da Academia da Força Aérea.  Em abril de 2016, na sequência de alteração da Constituição do Grupo de Trabalho para o Programa de Alienação de Aeronaves F-16 (GT F-16ALN) é nomeado Diretor do Programa.

Em 24 de setembro de 2016 foi promovido a Tenente-General e assumiu o cargo de Comandante Aéreo.

Ao longo da sua carreira o Tenente-General Borrego acumulou cerca de 3700 horas de voo repartidas pelas seguintes aeronaves: Chipmunk, T-41, T-37, T-38, A-7, F-16, FTB-337, Épsilon TB30 e DO 27.

É detentor de vários louvores e condecorações, destacando-se as medalhas de serviços distintos, mérito militar e mérito aeronáutico.

O Tenente-General Joaquim Borrego é casado com a Sr.ª Branca Maria Meneses Sampaio Gonçalves Borrego e têm duas filhas, a Mafalda e a Sílvia.