O Coronel Piloto Aviador João Paulo Pires nasceu a 18 de abril de 1971, em S. Tomé e Príncipe, efetuou os estudos até ao 12.º ano em Bragança, e ingressou na Academia da Força Aérea em 1989.
Iniciou o tirocínio de pilotagem em 1993, na Base Aérea Nº 11, Beja, tendo sido brevetado em julho de 1994, na Esquadra 101, Roncos.
Em 1995 concluiu o curso de Pilotagem Avançada em Aviões de Combate na aeronave Alpha-Jet, na Esquadra 103, Caracóis. No mesmo ano foi colocado na Esquadra 201, Falcões, a operar a aeronave F-16 na Base Aérea n.º 5 (BA5), em Monte Real. Em 2004 transitou para o Núcleo de F-16MLU e, em novembro de 2005, para a Esquadra 301, Jaguares, que passou a operar a aeronave F-16MLU a partir da BA5. Acumulou mais de 2000 horas de voo e obteve as várias qualificações operacionais nas aeronaves F-16, tendo sido ainda o responsável pelo planeamento e aceitação operacional do simulador do F-16MLU.
Desempenhou várias funções ao nível das Unidades Aéreas e Unidade Base, tendo sido Chefe do Gabinete de Prevenção de Acidentes (2006-2009) e Comandante do Grupo Operacional 51 (2012-2014) na BA5.
Entre 2006 e 2009 foi coordenador e investigador da Comissão de Investigação de Acidentes BA5 e Investigador da Comissão Central de Investigação de Acidentes da Força Aérea (COCINV). Exerceu ainda funções no Quartel-General dos NATO AWACS (2009-2012), na Divisão de Operações do Estado-Maior da Força Aérea (2014-2015), no Gabinete do Ministro da Defesa Nacional (2015-2019) e na Divisão de Recursos do Estado-Maior da Força Aérea (2019-2021).
Frequentou vários cursos de formação, qualificação ou estatutários, nacionais e internacionais, em estabelecimentos de ensino militares e civis, destacando-se o Curso Básico de Comando, o Curso Geral de Guerra Aérea, o Curso de Análise Estratégica, Geoeconomia e Prospetiva, o Curso de Aperfeiçoamento de Oficiais de Guerra Electrónica, o Mission Tape Generator Course, o Tactical Leadership Program, o Weapons Instructor Meeting e o International Flight Safety Officers Course. Ao nível da NATO frequentou, em particular e entre outros, o Weaponeering and Targeting Course, Staff Officer Orientation Course, ACO and Air ASACAS Operations TACEVAL Evaluator Course e o NATO Staff Officer Planning Course.
Participou, planeou ou comandou várias operações e exercícios conjuntos e combinados, dentro e fora do país, destacando-se os exercícios Red Flag, NATO Air Meet, Clean Hunter, Strong Resolve, Sírio, Linked Seas, Eolo, Polygone, Dapex, Lusíada, European Participating Air Forces Expeditionary Air Wing (EEAW), Real Warm, Real Thaw, gestão de crises da NATO (CMX) e as operações Deliberate Forge (Bósnia-Herzegovina), Allied Force (Kosovo), NATO Assurance Measures e o Policiamento Aéreo nos países do Báltico.
Chefiou, coordenou ou participou em vários grupos de trabalho (GT) e Comissões, destacando-se a Comissão de Investigação de Acidentes da BA5, a Comissão Central de Investigação de Acidentes da Força Aérea, a Comissão de Proteção Civil, o GT para a revisão do Estatuto dos Militares das Forças Armadas (EMFAR), o GT para o Programa de Alienação de Aeronaves F-16, o grupo para o acompanhamento da implementação da reforma do modelo de comando e gestão centralizados dos meios aéreos do Estado, do reforço da capacidade aeroportuária na região de Lisboa e na equipa de negociação para a aquisição da aeronave de transporte KC-390 (ENAT).
Foi promovido ao posto atual em outubro de 2016 e, em 20 de outubro de 2021, tomou posse como Comandante da Base Primeira, em Sintra.
Ao longo da sua carreira o Coronel João Pires foi distinguido com vários louvores e condecorações, nacionais e estrangeiras, de que se destacam a Ordem Militar de Avis, cinco Medalhas de Serviços Distintos (duas de ouro e três de prata), três Medalhas de Mérito Militar (1.ª, 2.ª e 3ª Classe) e as Medalhas Privativas do Ministério da Defesa Nacional, do Estado-Maior-General das Forças Armadas e da Força Aérea.
O Coronel João Pires é casado e tem 3 filhos.