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O Tenente-General Rui Freitas nasceu em Lisboa em 14 de novembro de 1964. Ingressou na Academia da Força Aérea em 1983 tendo concluído a Licenciatura em Ciências Militares Aeronáuticas na especialidade de Piloto Aviador em 1988, após o brevetamento na Base Aérea de Williams, Arizona, nos Estados Unidos da América. 

Foi piloto instrutor na Esquadra 102 na Base Aérea N.º 1, voando o T-37 entre 1989 e 1991. 

Nos anos de 1991 a 1994 foi instrutor de voo, também no T-37, na Base Aérea de Sheppard, Texas, nos Estados Unidos, no programa da NATO de formação de pilotos a reação. 

Em 1995, tornou-se piloto operacional em AJET na Base Aérea N.º 11, em Beja, onde serviu na Esquadra 301. 

Após concluir o Curso de Promoção a Oficial Superior, foi promovido a Major em 1996 e colocado como Oficial de Operações na Esquadra 101 voando a aeronave EPSILON. Comandou essa mesma Esquadra entre 1998 e 1999. 

Em 2000 esteve em Angola, onde fez parte de um programa de Cooperação Técnico Militar de formação de novos pilotos. 

Antes de ter sido promovido ao seu posto atual em 2019, o Tenente-General Rui Freitas serviu no Comando Aéreo como Chefe das Operações, no Joint Command Lisbon na área das Operações Aéreas, no Gabinete do Ministro da Defesa Nacional como Assessor da Força Aérea e no Quartel-General da NATO, em Bruxelas, como Adjunto do Representante Militar Português. 

Após ter sido Subdiretor da Direção de Instrução de 2010 a 2011, ocupou a Chefia da Divisão de Planeamento no Estado-Maior da Força Aérea até setembro de 2013, tendo comandado a Base Aérea N.º 1 entre esse mesmo ano e 2015. 

Após o Curso de Promoção a Oficial General 2015/2016, serviu no Instituto Universitário Militar como Coordenador da Área de Estratégia. Foi Diretor de Operações Aéreas no Comando Operacional de 2017 a 2019, tendo terminado recentemente as suas funções de Chefe do Gabinete do General Chefe do Estado-Maior da Força Aérea após aproximadamente três anos na função. 

O Tenente-General Rui Freitas conta com mais de 3000 horas de voo na sua maioria como Piloto Instrutor. 

Na sua folha de serviço constam vários louvores e condecorações, das quais se destacam, Ordem Militar de Avis – Grau de Grande Oficial, uma Medalha de Serviços Distintos - Grau Ouro e seis de Grau Prata e as Medalhas de Mérito Militar de 1.ª e 2.ª classe. 

O Tenente-General Piloto Aviador Rui Freitas é casado e tem quatro filhos.